Le Prytanée est le seul lycée militaire possédant une classe de MP*. La classe de MP* (MP-étoile) regroupe les meilleurs élèves de la filière MPSI pour leur enseigner un programme très similaire à celui enseigné aux élèves de la filière MP, mais légèrement étendu et complété par des exercices supplémentaires et plus poussés, leur permettant de préparer les concours les plus sélectifs, notamment ceux de Polytechnique ou les Ecoles normales supérieures.