Les quatre lignes du réseau se croisent en souterrain dans le centre de Boston sous la forme d’un carré, seules les lignes rouge et bleu n’offrent pas de correspondance directe l’une à l’autre. Au nord ouest, le T rejoint également Cambridge et le très prisé centre universitaire de Harvard. Chaque ligne roule avec un matériel différent et incompatible l'une avec l'autre.