Le monstre est décrit de façon différente selon les versions. Dans la plupart des versions il a un corps de serpent et entre cinq et neuf têtes, mais l'on trouve des versions indiquant un corps de chien et une centaine de têtes. La tête centrale, « tête intelligente » faite en partie d'or, dirigeait le corps et était immortelle.

Dans la mythologie grecque, cette redoutable créature habitait le royaume aquatique et les marais de Lerne. Héraclès, recouvert de sa peau de lion pour se protéger des morsures, attira la bête hors de son repaire en lui décochant quelques flèches enflammées. L’Hydre de Lerne apparut accompagnée d'un crabe (ou une écrevisse géante) envoyé par Héra dans le but de distraire Héraclès lors du combat. Agacé par les pincements du crabe, Héraclès l'écrasa du talon. Zeus en fera une constellation : celle du Cancer à côté de celle du Lion.

Débordé par les multiples régénérations céphaliques, Héraclès fit appel à son neveu Iolaos, fils d'Iphiclès1 qui, sur l'ordre de son oncle, enflamma quelques arbres et utilisa des brandons afin de cautériser les moignons de cou pour empêcher les têtes de repousser. Quant à la tête immortelle, elle fut tranchée et enterrée, encore sifflante, sous un rocher. Héraclès trempa ses flèches dans le venin de la bête, de manière à rendre mortel chacun de leurs traits. Toutefois Eurysthée refusa de considérer cet exploit comme valable, car Héraclès avait bénéficié de l'aide de Iolaos.