En gros Shinji reste dans l'entre deux, il reste prisonnier du dilemme du hérisson, c'est ce que symbolise la fin du film.
Il avait le choix entre la symbiose totale de tous les êtres humains (autrement dit on devenait une même entité, et donc on se comprenait sans travers..), ce que son individualité refuse.
Par contre son individualité lui refuse également de se fier aux autres et de se rapprocher d'eux par crainte d'être blessés. De même son incompréhension fait qu'il ressent autant d'haine que de désir envers Asuka et il ne comprend toujours pas comment se comporter face à cela.