L'effet d'hétérosis a besoin pour être mis en œuvre, d'au moins deux variétés, races ou lignées distinctes et relativement éloignées. La pureté de ces lignées permet de bien maitriser les caractères des produits hybrides, et d'assurer leur régularité.

Une lignée est réputée « pure », lorsqu'elle tend vers l'homozygotie : pour chaque gène, les deux allèles sont identiques. L'avantage d'une lignée « pure » est que sa descendance est homologue et donc prévisible. Son inconvénient est de multiplier les risques d'apparition de « tares ».

On obtient en effet une lignée « pure » en reproduisant une population restreinte sur elle-même pendant plusieurs générations. Pour les animaux on parle de consanguinité. Il s'ensuit une possible dérive génétique et une dépression hybride qui pourra être levée à l'occasion d'un brassage de population.