Bonne question. Toutes deux sont des procaryotes (des micro-organismes unicellulaires qui ne comportent pas de noyau) qui, morphologiquement, se ressemblent comme deux gouttes d'eau. Les principales différences qui séparent les archées des bactéries résident dans la composition de leur paroi cellulaire (celle des archées n'ont pas de peptidoglycanes) et dans l'expression génétique de leur ARN ribosomique (16S) respectif.

De même, la membrane des archées ne comprend qu'une seule couche de lipides là où celle des bactéries en comprend deux. Nombreuses aussi sont les archées à élire domicile dans un environnement extrême (ou dans des endroits où le développement de la vie est impossible). Certaines sont thermophiles (elles aiment le chaud), d'autres sont psychrophiles/cryophiles (elles aiment le froid), d'autres encore sont halophiles (elles aiment les lieux à forte salinité)...