La recherche appliquée = pour l'instant, le boulot des start-up dont l'article veut indirectement défendre l'existence.
La recherche théorique/fondamentale/sur le long terme = la recherche publique que l'on enterre actuellement.
Les innovations de ruptures ayant lieu pour la 1ère, qui naît de la 2nde.

C'est là le contenu des 3 premières lignes, et je ne vois pas ce que j'y ai mal lu.